人気テレビアニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」を再構成した劇場版3部作の第2部。2006～08年に計2シーズン・全50話が放送されたテレビシリーズに新作パートを加え、全編にわたり新たにアフレコが行われた。仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが……。